Die Logfiles unter welche für das generieren verwendet werden unter ~/LOG (für jeden Monat ein File).
Die Konfiguration des Webalizer liegt irgendwo im /etc/webalizer.conf.
Falls du ein eigenes Webalizer.conf verwenden willst, dann kannst du in dein home ein File webalizer-_www.webserver.ch_.conf ablegen, welches dann automatisch verwendet wird (Tja der Name ist entscheidend, und nicht gnaz genau.